Dijelaskan: Varian B.1.617 dan lonjakan Covid-19 di India
Data sekuensing genom telah menyajikan bukti 'mutan ganda' pada 61% sampel di Maharashtra. Tetapi apakah varian baru ini mendorong lonjakan berkelanjutan di India dapat dikatakan hanya setelah lebih banyak data tersedia.
Petugas kesehatan menyiapkan tempat tidur di Shehnai Banquet Hall di New Delhi, yang telah diubah menjadi bangsal sementara untuk pasien Covid-9. (Foto Ekspres: Amit Mehra) Selama pertemuan dengan laboratorium distrik di Maharashtra minggu lalu, Institut Virologi Nasional (NIV) membagikan data terbatas yang menunjukkan pemisahan 361 sampel sekuens genom yang dikumpulkan antara Januari dan Maret tahun ini.
Temuan utama dari analisis : adanya mutasi ganda terdeteksi pada 220 — hampir 61 persen — sampel. Varian ganda ini minggu lalu diklasifikasikan sebagai varian B.1.617.
Buletin| Klik untuk mendapatkan penjelasan terbaik hari ini di kotak masuk Anda
Apa itu B.1.617?
Varian B.1.617 dari SARS-CoV-2 membawa dua mutasi, E484Q dan L452R. Keduanya ditemukan secara terpisah di banyak varian virus corona lainnya, tetapi keduanya telah dilaporkan bersama untuk pertama kalinya di India.
Kedua mutasi tersebut ditemukan pada protein lonjakan virus. Protein lonjakan membantu virus untuk mengikat dirinya ke reseptor sel manusia dan masuk ke dalam sel inang.
Mutasi E484Q mirip dengan E484K, mutasi yang ditemukan di Inggris (garis keturunan B.1.1.7) dan Afrika Selatan (B.1.351) varian virus corona.
Mutasi L452R telah ditemukan pada varian penyebaran cepat di California (B.1.427 dan B.1.429). Ini dapat meningkatkan daya ikat protein lonjakan dengan reseptor ACE2 pada sel manusia, sehingga lebih mudah menular. L452R juga berpotensi meningkatkan replikasi virus.
Bersama-sama, E484Q dan L452R lebih menular, dan dapat menghindari antibodi.
Di mana B.1.617 ditemukan?
Ada data yang terbatas. Ini pertama kali dilaporkan dari Maharashtra. Pada Januari, 19 sampel dari berbagai kabupaten disekuensing, dan B.1.617 ditemukan di empat. Pada bulan Februari, 234 sampel diurutkan dari 18 distrik, dan 151 sampel — dari setidaknya 16 distrik — memiliki varian ini. Dan pada bulan Maret, sebanyak 65 dari 94 sampel memilikinya.
Sejauh ini, distrik Amravati, Nagpur, Akola, Wardha, Pune, Thane, Aurangabad, dan Chandrapur telah memberikan bukti kuat tentang keberadaan B.1.617. Lebih sedikit sampel yang diurutkan di kabupaten lain, dan varian ditemukan di beberapa. Pengurutan tertunda untuk sampel lainnya.
BERGABUNG SEKARANG :Saluran Telegram yang Dijelaskan Ekspres
Apakah varian ini lebih ganas?
Tidak ada bukti sejauh ini. Sebagian besar pasien dapat melakukannya dengan isolasi di rumah, meskipun pengalaman klinis perlu digabungkan dengan data sekuensing genom untuk menghasilkan bukti ilmiah. Anekdot klinis dari dokter menunjukkan varian menyebar lebih cepat, lebih menular, dapat menginfeksi seluruh keluarga, tetapi kurang ganas dan tidak menyebabkan lebih banyak rawat inap secara dramatis.
Kebanyakan pasien tidak menunjukkan gejala dan itu merupakan indikasi yang baik. Tetapi dalam jumlah absolut begitu banyak kasus telah membebani infrastruktur kesehatan, kata Dr Shashank Joshi, seorang ahli dari Gugus Tugas Covid Maharashtra.
Berapa banyak yang telah menyebar?
Dr Sujeet Singh, direktur Pusat Pengendalian Penyakit Nasional (NCDC) telah menunjukkan bahwa sangat sedikit sampel dari Maharashtra yang telah diurutkan sejauh ini, dan terlalu dini untuk menarik kesimpulan pasti tentang seberapa luas mutan ganda itu. Namun, pemerintah pusat telah melaporkan pada bulan Maret bahwa 15-20 persen sampel di Maharashtra memiliki varian ini; berdasarkan data pengurutan terbaru, kami tahu bahwa jumlah ini sekarang lebih dari 60 persen.
Dokter dan administrator distrik di Maharashtra melaporkan bahwa tidak seperti pada gelombang pertama, seluruh keluarga terinfeksi pada gelombang kedua. Ini dapat menunjukkan bahwa jarak fisik dan langkah-langkah isolasi tidak memadai di rumah tangga, atau bahwa virus telah menjadi lebih mudah menular.
Mungkinkah B.1.617 mendorong lonjakan kasus Covid-19 yang sedang berlangsung?
Dr Gangandeep Kang, profesor mikrobiologi di Christian Medical College, Vellore, mengatakan 60,9 persen sampel yang membawa varian ini kemungkinan besar menunjukkan hubungan antara mutasi dan lonjakan. harus diurutkan setiap minggu. Dengan India saat ini menguji lebih dari 1 lakh kasus setiap hari, dan ini akan diterjemahkan menjadi sekitar 1.000 urutan genom setiap hari.
Kita juga perlu melihat berapa banyak orang yang bisa terinfeksi, dan ambang batas siklus RT-PCR. Kita perlu melakukan pelacakan langsung. Data dari Januari memiliki nilai kecil di bulan April, kata Dr Kang.
Dr Gautam Menon, profesor di Universitas Ashoka, Sonepat, dan di Institut Ilmu Matematika, Chennai, mengatakan: Apa yang kami miliki adalah sugestif tetapi kami membutuhkan lebih banyak data pengurutan genom untuk memahami varian mana yang mendorong jumlah infeksi baru di negara bagian yang berbeda… Untuk menunjukkan bahwa peningkatan kasus disebabkan oleh varian mutan ganda ini, kita harus memiliki lebih banyak titik waktu. Misalnya, jika kami dapat mengatakan bahwa kami mendeteksi 30 persen varian ini dalam sampel pada 30 Maret, dan kemudian 40 persen dalam sampel pada 14 April, itu akan menunjukkan bahwa varian baru mendominasi penyebaran penyakit.
Dr Menon juga menggarisbawahi perlunya transparansi data yang lebih besar. Ada kemungkinan, meskipun semakin tidak mungkin, bahwa kasus-kasus itu juga dapat dihubungkan dengan jenis sebelumnya, katanya. Kecuali jika kami mengetahui sejauh mana peningkatan tersebut dapat dikaitkan dengan varian baru, kami tidak akan dapat menentukan secara meyakinkan apakah relaksasi dalam perilaku yang sesuai dengan Covid dengan strain yang lebih lama mendorong peningkatan atau apakah peningkatan infektivitas varian baru bertanggung jawab.
Prof Vinod Scaria, ilmuwan utama, CSIR -IGIB, setuju bahwa kami tidak dapat secara meyakinkan mengatakan bahwa varian ini mendorong lonjakan gelombang kedua. Namun, bukti menunjukkan bahwa setidaknya di beberapa negara bagian, garis keturunan B.1.1617 dominan, dan dapat berkontribusi pada peningkatan kasus, katanya. Garis keturunan ini ditentukan oleh 15 varian genetik termasuk enam varian protein lonjakan. Dua di antaranya (E484Q dan L452R) terlibat dalam pelepasan kekebalan serta peningkatan infektivitas, kata Prof Scaria.
Bisakah varian menghindari vaksin?
Sekali lagi, datanya terbatas. Beberapa orang memang telah terinfeksi setelah dosis pertama, tetapi tidak ada data apakah sampel mereka dikirim untuk pengurutan genom.
Kita tahu bahwa varian Afrika Selatan lebih mampu lolos dari respons imun. Kita tahu bahwa varian Inggris adalah yang paling menular. Tapi kami tidak tahu apa-apa tentang B.1.617 sejauh ini, karena kami tidak mengumpulkan data untuk menarik kesimpulan, kata Dr Kang.
Dr Menon menggarisbawahi bahwa meskipun vaksin tidak diharapkan untuk mencegah infeksi, vaksin tentu saja mencegah penyakit parah dan kematian. Kami berharap ini akan tetap benar bahkan dengan varian baru. Satu-satunya solusi jangka menengah hingga panjang untuk menangani Covid-19 adalah dengan melakukan vaksinasi.
Bagikan Dengan Temanmu:
