Dijelaskan: Virus corona yang bermutasi versus tes, vaksin

Vaksin dan tes coronavirus vs Covid-19 baru: Varian coronavirus yang beredar di Inggris ditentukan oleh banyak mutasi. Yang mana yang menjadi perhatian khusus? Mengapa WHO menyarankan bahwa itu dapat menghindari beberapa tes PCR, dan dapatkah itu berdampak pada vaksinasi?

Botol vaksin Pfizer-BioNTech Covid-19 di Guy's Hospital di London. Sementara virus telah bermutasi di beberapa daerah, sebagian besar vaksin menargetkan banyak bagian. (AP Foto: Frank Augstein)

Dalam informasi yang muncul tentang varian baru virus corona SARS-CoV-2 yang beredar di Inggris, satu mutasi telah menjadi perhatian khusus. Varian, yang disebut VUI 202012/01 dan dilaporkan mampu menularkan lebih cepat di antara orang-orang, didefinisikan oleh sebanyak 14 mutasi dan tiga penghapusan dalam materi genetiknya. Perhatian khusus adalah satu mutasi, N501Y. Sementara potensi varian untuk mempengaruhi pengujian dan hasil vaksinasi masih dipelajari, otoritas kesehatan sebagian besar optimis bahwa sebagian besar tes dan vaksin akan tetap berfungsi.

Apa itu mutasi?

Mutasi berarti perubahan materi genetik. Dalam virus RNA seperti SARS-CoV-2, protein terbuat dari urutan asam amino. Virus semacam itu mengandung sekitar 30.000 'pasangan basa', yang seperti batu bata yang ditempatkan bersebelahan untuk membentuk struktur. Perubahan pada basis ini dapat berupa mutasi, yang secara efektif mengubah bentuk dan perilaku virus.

Dalam varian Inggris, satu mutasi telah membuat virus lebih mungkin untuk berikatan dengan protein manusia yang disebut reseptor. Ini disebut N501Y.

Apa itu N501Y?

Dengan kata sederhana, asam amino yang diwakili oleh huruf N, dan ada pada posisi 501 dalam struktur genetik virus corona, telah digantikan pada posisi itu dengan asam amino lain, yang diwakili oleh Y. Posisi di mana perubahan ini terjadi adalah di domain pengikat reseptor protein spike. (Ini adalah protein lonjakan virus yang mengikat reseptor manusia.)

Oleh karena itu, mutasi telah meningkatkan afinitas pengikatan virus corona. Virus yang bermutasi dilaporkan menyumbang 60% dari infeksi baru-baru ini di London.

Menurut database Global Initiative on Sharing Avian Influenza Data (GISAID), mutasi yang sama pada domain pengikatan reseptor telah dilaporkan secara independen di beberapa negara termasuk Afrika Selatan dan Australia. Analisis urutan menunjukkan bahwa mutasi ini berasal secara terpisah di Inggris dan Afrika Selatan.

Bagaimana dengan mutasi virus corona lainnya?

Mutasi sering terjadi, tetapi sebagian besar tidak menyebabkan perubahan dalam struktur protein yang mereka kodekan — ini disebut mutasi 'sinonim', karena mereka akhirnya diterjemahkan ke asam amino yang sama. Jenis lainnya adalah mutasi 'non-sinonim', yang dapat mengakibatkan perubahan asam amino.

Pada varian yang beredar di Inggris, terdapat enam perubahan sinonim dan empat belas mutasi non-sinonim. Selain itu, ada tiga 'penghapusan' - asam amino dihapus dari urutan.

Menurut Organisasi Kesehatan Dunia (WHO), selain N501Y, mutasi yang dapat mempengaruhi penularan virus pada manusia adalah P681H dan HV 69/70.

Dan apa itu P681H dan HV 69/70?

P681H : Mutasi ini telah terjadi pada asam amino yang ada pada 681 — posisi lain dalam domain pengikatan reseptor. Di sini asam amino P telah diganti dengan H. Pusat Pengendalian Penyakit AS (CDC) mengatakan ini adalah situs dengan variabilitas tinggi pada virus corona, dan mutasi spesifik ini juga muncul secara spontan beberapa kali. WHO mengatakan mutasi ini memiliki signifikansi biologis.

Para peneliti sebelumnya telah menunjukkan bahwa mutasi ini dapat mendorong masuknya sel epitel pernapasan dan transmisi pada model hewan.

Sampel terbaru yang diurutkan di Pusat Keunggulan Afrika untuk Genomik Penyakit Menular, Universitas Penebus, Nigeria telah menunjukkan urutan P681H di sana. Namun, para peneliti mengatakan bahwa saat ini, mereka tidak memiliki bukti yang menunjukkan bahwa varian P681H berkontribusi terhadap peningkatan penularan virus di Nigeria.

HV 69/70 : Mutasi ini merupakan hasil dari delesi asam amino pada posisi 69 dan 70. Posisi ini lagi-lagi pada spike protein virus. Penghapusan ini telah diamati di Prancis dan Afrika Selatan juga. CDC telah mengatakan: Penghapusan ganda ini telah terjadi secara spontan berkali-kali, dan kemungkinan mengarah pada perubahan bentuk (yaitu, perubahan konformasi) protein lonjakan.

Para peneliti atas nama COVID-19 Genomics Consortium UK (CoG-UK), yang menandai varian baru di Inggris, mengatakan dalam laporan awal mereka bahwa penghapusan ini juga terlihat dalam wabah terkait cerpelai di Denmark. Pada manusia, penghapusan ini telah dikaitkan dengan mutasi lain, N439K, yang lagi-lagi terjadi pada domain pengikatan reseptor.

WHO telah menyoroti bahwa penghapusan ini dapat memengaruhi kinerja beberapa tes RT-PCR yang mendeteksi virus corona baru.

Bagaimana pengaruhnya terhadap tes RT-PCR?

WHO telah mengatakan bahwa penghapusan pada posisi 69/70 telah ditemukan mempengaruhi kinerja beberapa tes PCR diagnostik yang menggunakan 'target gen S' (dalam 'S' atau protein lonjakan). Namun, WHO juga mengatakan, sebagian besar uji PCR di seluruh dunia menggunakan beberapa target dan oleh karena itu dampak varian pada diagnostik tidak diantisipasi secara signifikan.

CDC juga mengatakan bahwa sebagian besar tes PCR komersial memiliki banyak target di mana mereka mendeteksi virus, sehingga bahkan jika mutasi berdampak pada salah satu target, target PCR lainnya akan tetap berfungsi.

Faktanya, infeksi yang dipicu oleh galur baru di Inggris juga terdeteksi oleh tes RT-PCR konvensional.

Laboratorium yang menggunakan uji PCR in-house yang menargetkan gen S dari virus juga harus mewaspadai potensi masalah ini. Untuk membatasi dampak pada kapasitas deteksi di negara-negara tersebut, pendekatan yang menggunakan pengujian yang berbeda secara paralel atau pengujian multipleks yang menargetkan gen virus yang berbeda juga direkomendasikan untuk memungkinkan deteksi varian potensial yang muncul, WHO telah merekomendasikan.

Apakah ini akan berdampak pada pengembangan vaksin?

CDC mengatakan vaksin yang disetujui oleh Food and Drug Administration (FDA) AS adalah poliklonal, memproduksi antibodi yang menargetkan beberapa bagian protein lonjakan.

Virus kemungkinan perlu mengakumulasi beberapa mutasi pada protein lonjakan untuk menghindari kekebalan yang disebabkan oleh vaksin atau infeksi alami, katanya.

Dan WHO mengatakan: Studi laboratorium sedang berlangsung untuk menentukan apakah virus varian ini memiliki sifat biologis yang berbeda atau mengubah kemanjuran vaksin. Tidak ada informasi yang cukup saat ini untuk menentukan apakah varian ini terkait dengan perubahan keparahan penyakit klinis, respons antibodi, atau kemanjuran vaksin.

Bagikan Dengan Temanmu: